1 旁路煙道內若不設旁路煙氣擋板，在實際運行中必須將FGD進口和出口側的煙氣壓力差調節為“零”，才能保證FGD的全煙氣脫硫，而在FGD運行中始終保持這種狀態而沒有偏差，控制上是有難度的，特別是煙氣工況發生波動（這是比較正常的現象）時控制更難實現。
2 FGD系統若不設旁路煙道擋板，在實際運行中有可能使部分凈煙氣重新吸入FGD 系統或原煙氣直接排入煙囪。如果FGD對脫硫效率要求不是很高（如國內某些電廠）可以不設旁路擋板，但對脫硫效率要求高的FGD系統，則旁路擋板的設置就顯得十分必要的。
3 若FGD系統中不設置旁路擋板，在選擇升壓風機容量時就要考慮一定的余量，則升壓風機的造價及運行成本就要增加。
4 FGD裝置啟停時，煙氣需走旁路，旁路擋板按要求打開，FGD進、出口擋板同時關閉，這種情況下，旁路擋板可通過控制開度使其與FGD進、出口擋板的啟閉協調進行，而不至于出現由于兩路煙道阻力不同對鍋爐爐膛負壓產生明顯影響，引起鍋爐MFT的情況。
