1、旁路煙道內若不設旁路煙氣擋板門，在實際運行中必須將煙氣脫硫系統(tǒng)進口和出口側的煙氣壓力差調節(jié)為“零”，才能保證煙氣脫硫系統(tǒng)的全煙氣脫硫，而在煙氣脫硫系統(tǒng)運行中始終保持這種狀態(tài)而沒有偏差，控制上是有難度的，特別是煙氣工況發(fā)生波動(這是比較正常的現(xiàn)象)時控制更難實現(xiàn)。
　　2、煙氣脫硫系統(tǒng)若不設旁路煙道擋板，在實際運行中有可能使部分凈煙氣重新吸入煙氣脫硫系統(tǒng)系統(tǒng)或原煙氣直接排入煙囪。若煙氣脫硫系統(tǒng)對脫硫效率要求不是很高(如國內某些電站)可以不設旁路擋板，但對脫硫效率要求高的煙氣脫硫系統(tǒng)，則旁路擋板的設置就顯得十分重要的。
　　3、如果煙氣脫硫系統(tǒng)中不設置旁路擋板門，在選擇升壓風機容量時就要考慮一定的余量，則升壓風機的造價及運行成本會增加很多。
　　4、煙氣脫硫系統(tǒng)裝置啟停時，煙氣通過旁路，旁路擋板門按要求打開，煙氣脫硫系統(tǒng)進、出口擋板同時關閉，這種情況下，旁路擋板門可通過控制開度使其與煙氣脫硫系統(tǒng)進、出口擋板的啟閉協(xié)調進行，而不至于出現(xiàn)由于兩路煙道阻力不同對鍋爐爐膛負壓產生明顯影響，引起鍋爐主燃料跳閘的情況。